近年來，隨著醫療水準的提昇使人類壽命延長，慢性病患的增加，如何使失能者能自我照顧、提高生活品質，是現代社會中病患及家屬的基本需求。而社會對於老人與幼兒福利的重視、生活水準的要求也有所提昇，使復健醫學近年來蓬勃發展。有鑑於此，本院於成立之初，即同步設立復健科。

萬芳醫院復健科位於一樓，約有三百坪空間，包含：水療室、足部裝具室、運動治療室、心肺訓練室、第一及第二電療室、第一及第二診察室、兒童物理治療室、兒童職能治療室、職能訓練及日常生活訓練室、第一及第二語言治療室、肌電圖檢查室、骨骼肌肉超音波檢查室、研究討論室、運動復健中心及肥胖減重中心。外有中庭二百餘坪，採光良好、設備一流。自 86年３月１日成立以來，在院長、副院長及各科醫師的支持及復健科全體同仁共同的努力下，業務蒸蒸日上，漸漸獲得大家的肯定。

目前人員編制有專任主治醫師五名、兼任主治醫師四名、物理治療人員二十二名、職能治療人員九名、語言治療師四名、門診護士二名、書記二名、技術員二名、研究助理一名、工讀生二名。服務項目包括：肥胖減重、中風後遺症、腦傷後遺症、脊髓損傷、周邊神經病變、坐骨神經痛、骨科術後復健、關節炎、筋骨疼痛、運動傷害、心肺復健、腦性麻痺、發展遲緩、自閉症、感覺統合異常、手外傷後遺症、燒傷後遺症、義肢訓練、足部裝具製作、針灸疼痛治療、肌電圖檢查、骨骼肌肉超音波檢查、語言訓練、發聲矯正及嗓音治療等；並自 87年12月起開辦兒童早期療育業務，90年2月起開辦肥胖減重業務，91年4月起設立運動復健中心，給予病患完善復健治療及健康維護。